Le CE3M est structuré en 4 commissions thématiques. Leur rôle est d'agir en amont et en aval du processus projet pour créer un environnement favorable au développement des projets collaboratifs. Ces quatre commissions se présentent comme suit :
Faire émerger des projets collaboratifs innovants orientés marché.
Faciliter et encourager le développement de produits innovants made in Morocco.
Constituer les consortiums et lever des fonds pour réaliser les projets.