La gouvernance du CE3M est assurée par un Conseil d’Administration qui s’occupe de la stratégie et s’appuie sur l’équipe animation ainsi que sur les commissions thématiques existantes au sein du cluster. Ce conseil d’administration est élu pour deux ans par l’Assemblée Générale qui se tient chaque année.
L’association se compose ainsi des organes suivants :
- L’assemblée générale
- Le conseil d’administration
- Le Comité exécutif
- Les commissions thématiques
- L’équipe animation
